L'idée du Club Nautique a vu le jour en Août 1959 suite à une réunion organisée par le Docteur Albert Roellinger afin d'organiser des régates sur Cancale.

En 1960, il est décidé d'y adjoindre une Ecole de Voile avec l'aide du Service Départemental de la Jeunesse et des Sports.

Les premiers bateaux sont des vauriens, caravelles, mousses, 505...

Le Club House sur la plage de Port Mer est inauguré en 1963.

Le Club Nautique prend en charge également à cette époque l'organisation des mouillages dans la baie.

Peu à peu le Club va se séparer de l'Ecole de Voile, mais par contre il accueillera hors saison les classes de mer de l'Ecole Hériot et les scolaires de la région.

Dans les années 80 il est envahi par la mode des Planches à voile.

En 1985 la Mairie de Cancale reprend à son compte la gestion des mouillages.

On commence à voir apparaître des catamarans au club avec deux Hobbie Cat 16 puis un Dart 18.

1989 voit la première édition du Raid Catamaran de la Baie du Mont Saint Michel, organisé par le CNC et le Cercle de Voile de Jullouville, se dérouler avec succès. La même année est créée la section Voile-Aviron suite à une grande manifestation organisée par le Club au port de La Houle.

Cette section est abandonnée l'année suivante et reprise par une autre association.

En 1995 une nouvelle activité est assurée par le Club : la préparation aux permis mer.

En 1996 le Club récupère la totalité de ses locaux suite à la construction par la Municipalité du nouveau bâtiment qui abritera l'Ecole de Voile et le bureau du Port.

Enfin à partir de 2008, dans le cadre des préparations aux nouveaux permis, le Club Nautique devient Etablissement agréé par les Affaires Maritimes à assurer la formation correspondante.